벼농사 준비의 시작은 종자소독이다.
농진청에 따르면 못자리 시기부터 출수기까지 때를 가리지 않고 발병하는 벼 키다리병은 쌀 품질과 수량을 크게 떨어뜨려 발병 농가에 큰 피해를 입힌다. 하지만 철저한 종자소독과 육묘관리만으로도 키다리병은 충분히 방제 가능하다.

충실한 종자는 무거운 종자를 의미하므로 이를 가려내기 위해 소금물에 담가 염수선(소금물에 벼, 보리 등을 띄워서 우량한 씨를 선택하는 과정)을 실시해야한다.
이때, 소금물은 메벼의 경우 물 20ℓ에 소금 4.24㎏을 희석해 비중을 1.13으로 만들고, 찰벼는 물 20ℓ에 소금 1.36㎏을 희석해 비중을 1.04로 만들어 소금물에 볍씨를 넣고 저으면서 떠오르는 것은 버리고 가라앉은 충실한 볍씨만을 골라낸다.
소금물가리기 할 때 볍씨를 소금물에 오래 담가 두면 발아(씨눈으로부터 싹이 트는 것)를 방해할 수 있기 때문에 맑은 물로 3번 이상 씻어 소금기를 없애고, 세척한 볍씨는 햇볕에 잘 말린 후 종자 소독을 해야 소독약이 잘 침투한다.

온도 60℃ 물에 볍씨를 10분간 담가 소독한 후
바로 냉수에 10분간 식혀 주는 온탕소독
키다리병은 종자소독으로 피해를 줄일 수 있다. 최근 약제 저항성이 생긴 키다리병균이 증가하고 있는 가운데 농촌진흥청에서는 키다리병 방제를 위한 5가지 유형의 새로운 종자소독법을 개발했다.
먼저 유형별 소독을 실시하기 전에 공통적으로 온도 60℃ 물에 볍씨를 10분간 담가 소독한 후 바로 냉수에 10분간 식혀 주는 온탕소독을 한다. 이때, 60℃에 10분간 온탕침지 조건을 지키지 않으면 발아율이 떨어지는 품종이 있기 때문에 각별히 주의해야 한다.

2년 주기로 침지소독
온탕소독 후에는 약제 저항성균 발생을 줄이기 위해 다음 5가지 방법 중 1가지 방법을 선택하여 2년 주기로 침지소독을 해야 한다 . 첫 번째 방법으로는 약제 혼용 침지소독으로 물 20ℓ에 플루디옥소닐 종자처리 액상수화제 20㎖와 프로클로라즈 10㎖를 함께 희석해 온도 30℃의 물에 48시간 동안 침지소독을 한다. 이때, 프로클로라즈는 반드시 정량, 온도, 침지시간을 준수해야 한다. 두 번째 방법은 물 20ℓ에 이프코나졸 액상수화제 40㎖를 희석해 물 온도 30℃에 48시간 동안 침지소독을 한다.

세 번째 방법은 물 20ℓ에 티오파네이트메틸, 트리플루미졸 50g을 희석해 온도 30℃의 물에 48시간 동안 침지소독을 하는데 침지 소독 후에는 종자를 헹구지 않는 것이 중요하다. 네 번째 방법은 물 20ℓ에 테부코나졸 유제 5㎖와 프로클로라즈 유제 10㎖를 희석해 온도 30℃의 물에 48시간 동안 침지소독을 하는데. 침지 소독 후에는 맑은 물로 2∼3번 씻어주고, 테부코나졸 유제를 사용 할 때는 선충방제용 페니트로티온 유제를 혼용해서는 안 된다. 다섯 번째로 물 20ℓ에 헥사코나졸,프로크로라즈 유제 10㎖를 희석해 온도 30℃의 물에 48시간 동안 침지소독을 하는데. 침지 소독 후에는 맑은 물로 2∼3번 씻어 주며, 반드시 온도, 침지시간을 준수하고 약제는 정량을 사용해야 한다.

발아기만 있는 경우 종자 소독법의 경우 1단계 침투이행성(약제가 작물체내에서 들어가다른 부위로 이행하는 성질) 약제 1가지를 선택해 물 20ℓ에 희석해 온도 30℃의 물에 48시간 동안 침지소독을 한다. 이후 48시간 이전에 싹이 트면 바로 2단계 소독을 실시하고, 그렇지 않을 경우에는 종자의 싹이 움트기 시작할 때 2단계 약제 중 한 가지를 선택해 24시간 침지 후 바로 파종하거나 습분의 처리 후 파종한다. 1,2단계 약제는 각각 2년 단위로 기작이 다른 약제로 바꾸어 사용한다.

약제 저항성을 줄일 수 있는
체계처리 단계별 약제를 선택해야
발아기가 없는 경우에는 약제 저항성을 줄일 수 있는 체계처리 단계별 약제를 선택해야한다. 1단계 침투이행성 약제 1가지를 선택해 물 20ℓ에 희석해 상온에서 72시간 동안 침지 소독 한다.
이때, 반드시 종자소독용 용기 안에 공기를 공급할 수 있는 장치를 설치해 종자가 부패하는 것을 방지하고, 싹이 움틀 때 까지 물을 갈아 주며, 2단계 약제를 한 가지 선택해 24시간 침지 후 바로 파종하거나 습분의 처리 후 파종해야 한다.

약제 처리가 된 보급종 종자는 물 20ℓ에 종자 10㎏을 온도 30℃ 물에 48시간 동안 침지하고, 48시간 이전에 싹이 트면 바로 2단계 소독을 실시한다. 그렇지 않을 경우에는 종자의 싹이 움트기 시작할 때 플루디옥소닐에 24시간 침지 후 바로 파종하거나 습분의 처리 후 파종 한다.
약제 처리가 안 된 보급종의 경우에는 앞서 설명한 방법에 따라 선택해 소독을 실시한다.