양파는 연작장해로 인해 노균병, 모잘록병, 분홍색뿌리썩음병, 고자리파리 유충 등과 같은 토양 병해충과 잡초 발생으로 부실한 묘 생산이 가장 큰 문제이다. 연작장해를 줄이려면 파종 전 양파 모종을 키우는 밭을 태양열로 소독하는 것이 효과가 있는 것으로 나타났다.    

7월하순에서 8월,
40일 이상 비닐덮어 태양열소독
태양열 소독 방법은 10a당 미숙퇴비 3000kg과 석회 200kg을 뿌려 경운한 후 묘상(양파 묘를 키우는 자리)을 만들고 충분히 물을 준 다음, 구멍이 없는 투명비닐로 밭 전체를 덮는다.
장마가 끝난 7월 하순에서 8월 고온기에 40일 이상을 비닐로 덮어두고 태양열로 소독하면 되는데, 이때 석회질소를 40kg∼60kg/10a를 함께 뿌리면 노균병 이병주율(병에 걸린 식물체의 비율)을 크게 줄일 수 있다. 양파 노균병 이병주율은 육묘상+본답(양파 묘를 옮겨 심을 밭) 모두 무소독시 44.6%(방제효과 0%)이지만, 육묘상+본답 모두 소독하면 0.7%(방제효과 98.6%)로 매우 효과적이다.
태양열 소독법은 토양 내 온도를 높여 병원균 밀도를 낮추고 잡초 발생을 억제하며, 퇴비가 충분히 잘 부숙 되도록 하는 효과가 있다. 특히, 약제를 사용하지 않는 친환경적 방법으로 약제 살포 비용과 제초 노력을 줄일 수 있어 농가의 육묘 생산비 절감에도 큰 보탬이 된다.

농촌진흥청 이명숙 기술지원과장은 “양파는 육묘시기의 모종 생육상태가 구 비대 및 수량에 큰 영향을 주므로 토양 병해충 예방 및 잡초발생 억제효과가 큰 태양열소독 방법을 재배농가에서 적극 활용하는 것이 필요하다”고 강조했다.

토양 병해충 조기 예방 필수
노균병은 양파 재배 중에 가장 많이 발생하는 곰팡이병으로 발병초기에 잎색이 연노란색으로 변하고, 희미한 회색의 병원균 균사체가 관찰된다. 그 이후 잎 전체로 병징이 퍼지면서 심하게 뒤틀린다. 육묘상에서 양파에 감염되어 정식포장으로 옮겨질 경우 피해발생 정도가 심하게 나타나며, 초기에 감염될수록 생육이나 구비대에 큰 영향을 주므로 조기방제가 필요하다. 

모잘록병은 양파 묘가 발아한 직후부터 본잎 2매 정도가 나기 전까지 발생하는 병이다. 초기 감염정도가 미비할 경우에는 새로운 잎이 나면서 피해정도가 크게 나타나지는 않으나, 심할 경우 모종 밑 부분이 잘록하게 말라 들어가 시들어 죽어버린다. 모잘록병 발생 원인균은 한가지 종류가 아니라 피시움, 푸사리움 등 여러 가지 병원균에 의해 발생하며, 잘록병은 발생 이후에 방제하기가 힘들기 때문에 예방이 중요하다. 

분홍색뿌리썩음병에 감염된 양파 뿌리는 초기에는 옅은 분홍색에서 색깔이 짙어져 보라색으로 변해 결국 썩어버린다. 뿌리의 기능상실로 인해 영양분 및 수분공급 부족으로 구비대가 불량해서 수량이 저하되고 저장성이 급격히 떨어진다. 특히, 논토양보다 밭토양에서의 발생이 많으며 피해도 심하다. 토양 내에서 발생하는 병으로 발생 이후에는 방제효과가 미비하므로 전년도 피해가 발생한 경우 조기 예방이 반드시 필요하다.

고자리 파리의 알이나 번데기의 형태는 살충제로 완벽하게 방제하기가 어렵다.
양파 묘상에 알을 낳아 부화하여 그 유충이 양파뿌리 주변 줄기를 가해할 경우 세균에 감염되거나 생장점 파괴 등으로 인해 큰 피해를 준다. 미숙퇴비 사용 시 발생할 가능성이 높아지므로 완숙퇴비를 사용하도록 한다. 고자리 파리는 양파 정식 후에 고온기가 지속될 경우에도 그 피해가 심해 질 수 있으니 주의해야 한다.