국내 식품의 잔류농약 안전관리와 안전성이 확보되지 않은 수입식품의 미등록 농약에 대한 관리강화를 목적으로 농약 허용물질 목록 제도, 이른바 PLS제도가 2016년 12월부터 시행됐다.
PLS제도는 식품위생법 제14조에 따라 단계적으로 시행시기를 나눠 도입한다. 이에 따라 지난해 말부터 견과종실류(호두·참깨· 땅콩 등) 및 열대과일류를 우선 적용하고, 나머지 전체 농산물을 대상으로 2018년 12월에 전면 시행한다.

국내 및 수입농산물 사용 농약성분 대상
PLS제도란 국내외에서 사용되는 농약성분을 등록하고, 잔류허용기준을 설정해 등록된 농약 이외에는 잔류허용기준을 일률기준인 0.01㎎/㎏으로 MRL(Maximum Residue Limit)이 설정된 농약 외에는 강화해 적용·관리하는 제도이다. 
MRL은 식품 중 잔류돼 있는 농약성분을 사람이 일생동안 먹어도 과학적으로 아무런 해가 없는 수준의 양을 법적으로 허용하는 기준량이다. 곧 농약잔류허용기준량을 넘지 않는 농산물은 우리가 일생동안 먹어도 안전하다는 것을 과학적으로도, 법적으로도 인정한 것이다. MRL 미설정 농약의 경우 Cdex 기준을 적용함에 따라 수입농산물에 대해 수출국의 MRL보다 높은 기준이 적용되는 사례가 발생되는 것을 방지하려는 것이 PLS 도입 배경이다.
PLS는 일본이 2006년 5월에, EU가 2008년 11월, 대만 2008년 10월, 미국이 1960년대 zero tolerance로 도입한 바 있다.
PLS제도에 의해 국내를 포함한 전 세계 사용되는 농약성분 약 600종을 대상으로 관리하게 된다. 예를 들면 취나물에 배추 농약성분으로 기준이 설정된 농약을 사용해 0.03㎎/㎏의 잔류농약 검출 시, 제도시행 이전에는 해당 농약성분의 최저 기준인 0.05㎎/㎏ 이내로 검출돼 ‘적합’으로 분류됐다.
그러나 시행 이후에는 일률기준 0.01㎎/㎏ 적용으로 ‘부적합’으로 판정돼 관련법에 따라 행정조치를 받을 수 있는 것이다.