농촌진흥청은 애써 키운 콩의 손실을 막기 위해 수확적기와 수확 후 관리요령을 제시했다. 콩은 껍질이 얇고 외부충격에 약해 온도가 높으면 발아력이 떨어지므로 수확 후 품질관리에 각별히 신경 써야한다. 또 비를 맞으면 수분을 흡수해 부패되고 외관이나 품질이 나빠져 상품가치가 떨어진다. 이에 따라 기상조건을 고려해 수확기를 조절하거나 비닐 등으로 수확물을 덮어 비를 맞지 않도록 해야 한다.

콩 수확적기는 잎이 누렇게 변해 떨어지고 꼬투리가 황색으로 변하는 시기로부터 7∼10일경 수분이 18∼20% 정도 될 때이며, 이때 꼬투리를 따서 흔들면 콩이 달그락거리는 소리가 난다.

수확작업이 늦어지면 콩알이 떨어져 버리거나 미라병과 자반병 등의 피해를 입는 콩이 많아지므로 주의해야 한다. 탈곡작업 시 수확한 콩에 수분 함량이 많으면 콩에 흙먼지가 붙게 되고 지나치게 건조하면 깨지는 콩이 많아지므로 수분함량 12∼13% 정도가 되도록 건조해 보관한다. 햇볕에서는 3∼5일간, 곡물건조기를 사용할 경우 48시간 이상 건조하고, 잘 말린 콩은 건조하고 서늘한 곳에 보관해 퇴화가 진행되지 않도록 주의해야 한다.